12歳のスーはヒーローコミック好きで、学校に友人もいない。父親は音楽家で出張も多く、母は化学研究に没頭し、自分のことは相手にしてくれない。ある日、母の誕生日をサプライズで祝おうとし研究所に勝手に入り込み、誤って母が開発した化学物質《NT26D》を全身に浴びてしまう。その化学物質のせいでスーは特殊能力を手にしてしまう。温かいものを触ると、自分が透明人間になってしまうというとんでもない能力だ。母はその能力の危険性をいち早く察知するが、世紀の発明であるその化学物質を狙う謎の組織によって母が誘拐されてしまう。イケメンだけど吃音持ちの転校生トビーと、メカオタクの《アプリ》ことカヤと仲良くなり、母捜しと誘拐の真相を探ることに…。謎の組織はあの化学物質だけでは効果がなく、スーの血液にだけ反応が起きることを知り、スーを標的として狙いはじめる。カヤのずば抜けたメカニカル知識や、人工知能アルフレッドの力を借りて、最終決戦の場所へたどりついた3人。スーに触れることで3人全員が透明人間へと姿を変え、そして戦いの火蓋は切って落とされた！
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