ピギー・アイランドとの“戦い”から数年。怒りんぼうのレッドは、あの日以来バード・アイランドのヒーローとして、親友のチャック、ボムと一緒に、島の平和を守ってきた。ところがある日、ピッグ軍団のリーダーであるレオナルドが休戦を申し出る。ブタたちを素直に信用できないレッドだったが、レオナルドによると、第３の島「イーグル・アイランド」に住むイーグルたちが、スーパー兵器を使って2つの島を滅ぼそうとしているという！これまで敵同士だったレッドとレオナルドは、力を合わせてお互いの島を守ることができるのか！？
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